東京大學醫學部附屬病院發祥于江戶時代末期在現在的東京開設的首家種痘所(牛痘接種所)，150多年來一直引領著日本醫學和醫療事業的發展。東京大學醫學部附屬病院秉承“致力于臨床醫學的發展和醫療人才的培養，為每位患者提供良好醫療”的辦院理念，以下列為宗旨開展日常工作：(1)實踐尊重患者意愿的醫療;(2)提供安全的醫療;(3)開發高度先進醫療;(4)培養優秀醫療人才。東京大學醫學部附屬病院是集醫療、教學、科研于一體的日本屈指可數的大型綜合性病院。

東京大學附屬病院的臨床醫學研究和尖端醫療技術開發受到日本國內各界的廣泛關注。“22世紀醫療中心”承擔著東京大學醫學部和醫學系研究科的轉化研究重任，開發新診斷方法和治療方法，驗證和推廣普及治療方法，開展預防醫學、醫療政策、醫療器械和設備的研究，并實際應用于臨床和醫療服務中。截至2013年度，正在開展12個先進醫療的項目。東京大學醫學部附屬病院計劃于2018年度建成具備先進研究功能的東大病院臨床研究中心，作為世界頂級的臨床醫學研究基地繼續開展科研活動。

東京大學醫學部附屬病院由診療部門(6個部門37個診療科室)、中央設施部門(38個部門)、臨床研究部門(7個部門)構成。

內科診療部門(11個診療科室)

循環內科

診治心絞痛、心肌梗塞、心臟瓣膜病、心肌病、心律不齊等心臟疾病、主動脈和周圍血管疾病、高血壓。

呼吸內科

診治支氣管、肺和胸膜腫瘤、呼吸道感染、過敏反應、炎癥性肺部疾病、肺血管病變、呼吸異常、呼吸衰竭等疾病。

消化內科

診治食管、胃、腸等消化道疾病和肝膽胰等實質器官的疾病。

腎臟內分泌內科

診治急性腎功能障礙、慢性腎病、腎衰竭、各種腎炎、腎病綜合征等腎臟疾病;丘腦下部、垂體、甲狀腺、甲狀旁腺、腎上腺、性腺等內分泌器官機能異常引起的各種激素過剩或不足;甲狀腺癌等腫瘤，以及與腎臟和內分泌均密切相關的高血壓。

糖尿病代謝內科

預防和治療近年隨著生活習慣的改變發病率明顯升高的糖尿病、血脂異常、肥胖、代謝綜合征等疾病。

血液腫瘤內科

診治包括貧血、血小板減少癥等造血障礙以及白血病、惡性淋巴瘤等腫瘤性疾病在內的所有血液疾病。

過敏與風濕內科

主要診治包括類風濕性關節炎、膠原病在內的風濕性疾病，以及支氣管哮喘等過敏性疾病。

傳染病內科

診治由病毒、細菌等所有的病原微生物引起的傳染病。擁有多名艾滋病、病毒性肝炎、細菌真菌感染的專家。

神經內科

診治腦、脊髓、周圍神經、肌肉各類疾病。尤其專治腦血管疾病、神經退行性疾病、神經免疫性疾病、感染性疾病、頭痛等疾病。

老年內科

以對多器官疾病引起的老人的病況進行綜合評估和治療為目的，內科各科專家會診，進行綜合性團隊診療。

身心醫學科

主要診治心身病，從身體、精神和社會各方面進行綜合性診療。

外科診療部門(12個診療科室)

胃與食管外科

診斷和外科治療胃癌、食管癌等惡性腫瘤，食管裂孔疝、賁門失弛緩癥等良性疾病。作為先進醫療，開展外科治療高度肥胖癥。

結腸與肛門外科

專門針對結腸癌、炎癥性腸病等下消化道疾病進行外科多學科綜合治療。

肝膽胰外科

以外科治療肝膽胰領域的惡性腫瘤為主，外科治療包括食管靜脈瘤、膽結石、胰膽管合流異常綜合征等良性疾病在內的各種肝膽胰疾病。

血管外科

診治除心臟疾病以外的頸部、胸部、腹部、上下肢動脈靜脈淋巴管方面的各種疾病。

乳腺及內分泌外科

診治乳腺癌、乳腺葉狀腫瘤、乳腺纖維腺瘤、甲狀腺癌、巴塞多氏病、甲狀腺腫瘤、甲狀旁腺功能亢進癥、腎上腺腫瘤等。

人造器官及移植外科

對終末期肝病行活體肝移植、腦死肝移植治療。肝移植治療需要嚴格周密的管理，由各診療科室結成的團隊協作醫療是本科的特色。

心外科

心、胸部大血管手術(缺血性心臟病、心臟瓣膜病、重度心力衰竭、主動脈疾病、先天性心臟病等)年約400例。積極開展不使用人工心肺機的非體外循環下冠狀動脈搭橋術等微創手術。

呼吸外科

手術治療肺、胸膜、縱隔、胸壁等胸部疾病，胸腺切除治療重癥肌無力，功能手術改善治療肺氣腫、漏斗胸、多汗癥。

腦神經外科

專治腦、脊髓腫瘤、動脈瘤和血管畸形等血管障礙、癲癇、帕金森病、疼痛等機能性疾病。

麻醉科與疼痛緩解中心

對在中央手術部接受手術的患者進行圍手術期管理，以及在麻醉科和疼痛緩解中心門診和病房對疼痛進行評估和治療。

泌尿科與男科

診治腎上腺、腎、輸尿管、膀胱、前列腺、睪丸、尿道、陰莖等泌尿道和生殖器疾病。

婦外科

診治子宮卵巢等女性生殖系統的良性腫瘤和惡性腫瘤(包括手術療法和非手術療法)。手術治療不孕不育、生殖器畸形、生殖器脫垂等機能障礙和形態異常。

感覺運動系統科診療部門(7個診療科室)

皮膚科與皮膚光子激光科

診治各種造成皮膚異常的疾病。積極開展激光治療母斑、血管瘤。

眼科與視力矯正科

專治白內障、青光眼、視網膜、玻璃體疾病、角膜疾病、葡萄膜炎、神經眼科、斜視、淚道、眼腫瘤等各種眼部疾病。

整形外科與脊柱外科

診治運動系統疾病和外傷。東大整形外科是日本早開設的整形外科，在臨床和科研上引領日本整形外科的發展。

耳鼻咽喉科和聽覺與嗓音外科

內外科治療各種年齡層的耳、鼻、喉和頸部疾病。

康復科

為有各種功能障礙或因障礙影響日常生活的患者進行功能訓練、日常生活指導，幫助減輕障礙，恢復正常生活等進行綜合性診療。

成形外科與美容外科

除傳統的手、面部先天異常和燙傷燒傷等的修復和美容外科外，成形美容重建外科還開展對身體缺失部分進行還原、恢復活動和知覺等美容性治療。

口腔頜面外科、牙科與畸齒矯正科

診治頜面部變形、頜面部外傷、口腔腫瘤等牙齒、頜骨的先天性和后天性異常，以及重度的全身性疾病。

小兒科、產科與婦科診療部門(3個診療科室)

小兒科

內科治療兒童身體和精神各方面疾病。

小兒外科

診治需要手術治療的先天性疾病、炎癥、腫瘤等各種外科疾病。與產科、小兒科和其他外科各科室協作開展綜合診療。

產科與婦科

承擔生殖醫學學科的臨床工作，診治從青春期、妊娠生產一直到絕經后女性一生。

精神神經科診療部門

精神神經科

診治大腦機能紊亂導致的精神疾病、精神壓力等心理因素產生的心理問題。同時也積極診治身體合并癥、器質性精神病。

放射科診療部門

放射科

由放射診斷部門(CT/MRI/血液造影)、核醫學部門(放射性同位素閃爍成像/PET)及放射治療部門(直線加速器/伽瑪刀)構成。

中央設施部門和臨床研究部門

看護部、藥劑部、檢查部、放射部、康復部、手術部、輸血部、病理部、急救部/救命急救中心、重癥監護部、醫療設備管理部、材料管理部、感染控制部、角膜移植部、器官移植醫療部、人體組織庫、無菌治療部、光學醫療診療部、血液凈化療法部、和緩醫療診療部、綜合圍產期母子醫療中心、小兒醫療中心、心理發育診療部、門診化療部、腫瘤咨詢支援中心、臨床研究支援中心、早期探索開發推進室、檢診部、基因醫學中心、地域醫療協作部、災害醫療管理部、國際診療部、環境安全管理室、企劃信息運營部、公共關系中心、病情營養治療部、組織工程部、醫工協作部、大學病院醫療信息網研究中心、轉化研究中心、國立大學病院數據庫中心、事務部、病歷管理部、22世紀醫療中心

診療運營組織、運營支援組織

癌癥治療研討會、血管醫療會、地域協作型高度醫療人才培養推進中心、綜合研修中心、接待技能培訓中心、醫療安全對策中心、感染對策中心、患者咨詢和臨床倫理中心、企劃經營部